第二次世界大战期间,以马来亚华侨为主体所建立的“马来亚人民抗日军”,是马来亚地区最重要的武装力量。第二次世界大战结束后,殖民地自治和最终独立成为英国新政策。横扫亚洲各地的殖民地民族主义浪潮很快到了马来亚。在二战最后一年,马来亚共产党与马来人为首的部队发生冲突,战后回到马来亚的英国人,因担心共产党势力的扩大,最终将马共列为非法政党,马共在发现和平的争取方式无效后,决定改以武力斗争争取。
1946年,英国宣布了一个组织马来亚联邦的计划,将原先属于马来联邦和马来属邦的苏丹国,加上槟城和马六甲(但不包括新加坡)合组一个英国海外领地,并在数年后独立,但遭到马来人强力反对 。同年3月,在柔佛首席部长奥恩·加法尔的领导下,马来人组织成立了巫人联合统一机构。巫统支持马来亚独立,条件是这个新国家完全由马来人掌管。面临马来人的反对,英国放弃了平等公民权的计划。马来亚联邦在1946年6月宣布成立,在1948年解散。代之以在1948年2月1日协议成立马来亚联合邦。
与此同时,共产党则在积极准备暴动。1945年12月抗日游击队解散,马来亚共产党成为一个合法政党,但游击队武器却被谨慎收藏起来,以备未来之用。马共的政策是立刻独立,并且所有民族平等。这意味着它极难招募到马来人党员,主要支持者来自华人主导的商会,尤其在新加坡;以及华人学校,其中的教师大多来自中国,将中国共产党看作中华民族重生的领导者。1947年3月,随着冷战的开始和共产国际的左倾,马来亚共产党的总书记莱特被杀,原游击队首领陈平任总书记,陈平要求共产党立刻行动。共产党发动游击队行动,期望迫使英国势力撤离马来亚。7月,在一连串庄园主遭到暗杀后,英国殖民政府展开反击,宣布进入紧急状态,马来亚共产党被禁,数百战士被捕。共产党退入森林,组织了马来亚人民解放军,这支军队约有13000名男性,其中第十支队主要由马来人组成。
马来西亚投资项目
1948年-1960年,英国开始实行马来亚紧急状态,镇压马来亚共产党,驱逐华侨华人回国。英国通过对华人做出经济和政治的让步,并将散居乡间的华人集中到位于马共势力范围外的“白区”的“新村”。动员马来人来对抗马来亚共产党从1949年起,马共失去抗争动机,招募游击队人数锐减。1951年马来亚共产党谋杀了英国高级专员亨利·葛尼,但是这种转向“恐怖份子”的策略,使得马来亚共产党失去了许多温和派的华人支持。1952年杰拉尔德·邓普勒被任命为马来亚英军指挥官,邓普勒在马来亚发明了反游击战的战术,虽然游击队被击溃,但英国军队因着冷战背景而留下来。依靠这个背景,英联邦一员的马来亚于1957年8月31日独立。
1955年和1956年,巫统、马华公会、印度人国大党和英国共同制定一部宪法草案,承认所有民族享受平等的公民权。1957年8月31日,东古阿卜杜勒·拉赫曼成为独立的马来亚的第一位总理。
马来亚独立后,这个区域还有其它英国领地的前途悬而未决。日本投降后,布鲁克家族和英国北婆罗洲公司分别放弃了对砂拉越和沙巴的控制,成为英国皇家殖民地。以华人占多数的新加坡于1955年获得自主权,1959年李光耀成为新加坡首席部长。盛产石油的文莱苏丹国依然是英国附属。1959年与1962年之间,英国政府召集了多次复杂的谈判,在这些当地领导人与马来亚政府之间进行协商。
1961年,东古阿卜杜勒·拉赫曼赞成建立“马来西亚”的构想,马来西亚将包括曾是英国海外领地的文莱、马来亚、沙巴、砂拉越和新加坡。
虽然新加坡首席部长李光耀支持这个建议,但他在新加坡社会主义阵线的党内反对者反对这个计划,认为这是英国打算继续控制这个区域的计谋。砂拉越大多数政党也反对这个计划,沙巴没有政党,但是当地社团代表也表示反对。文莱苏丹支持这个计划,但是文莱人民党反对。在1961年的英联邦首席部长联合会议,东古阿卜杜勒·拉赫曼向他的反对者进一步阐述这个计划。10月,英国政府批准这个计划,条件是必须取得参与这项合并计划的地区同意。葛波率领葛波委员会前往婆罗洲研究当地居民意见,认为沙巴和砂拉越同意合并,但在文莱则有许多人反对。在新加坡的公民投票中70%的人赞成合并,条件是新加坡政府获得实质的自主权。文莱苏丹退出这项参组马来西亚的计划,这是由于来自多数人民的反对、关于石油利润分配比例的争执,以及关于合并后苏丹的地位等等因素。此外,文莱的人民党发动武装革命,虽然立刻遭到敉平,但被视为这个新国家潜在的不稳定因素。
英国政府讨论葛波委员会的报告后,又设立Landsdowne委员会来起草马来西亚宪法的草稿。最后出炉的新宪法草案与1957年的马来亚宪法基本上相同,只做了少部分修改。例如,原先对于马来人特殊地位的认定,扩及到砂拉越与沙巴的所有土著。新加坡、砂拉越与沙巴这三个新加入的国,也被赋予某些自主权,这是原先的九个马来亚州署所没有的,因为新加坡、砂拉越与沙巴是以国的地位与马来亚联邦共同组成马来西亚联邦。1963年7月的谈判结束后,决定马来西亚联邦将于1963年8月31日正式成立,这天恰好是马来亚独立以及英国赋予新加坡和沙巴自治权的纪念日。然而,菲律宾和印度尼西亚强烈反对这个事态发展,印度尼西亚称马来西亚为新殖民主义的代表,而菲律宾则强调沙巴是她的领土。印尼总统苏加诺在印度尼西亚共产党的支持下提出反对,而且砂拉越人民联合党发动了多次抗争行动,延迟了马来西亚的成立。基于这些因素,联合国组成一个八人代表团造访砂拉越与沙巴,确认他们参组马来西亚的意愿。
马来西亚正式于1963年9月16日成立,由马来亚、沙巴、砂拉越与新加坡共同组成。当年的马来西亚人口约一千万人。
在马来亚独立时,具备着很好的经济优点。它是世界上三个重要商品(橡胶、锡和棕榈油)最重要的出产国之一,也是重要的铁矿石出产国。这些出口工业给马来亚政府提供了稳定可靠的盈余,可用来投资于工业发展和基础建设项目。虽然巫统不是一个社会主义党派,但如同其它发展中国家,马来亚于1950和1960年代非常看重国家计划,首两个五年计划(1956年至1960年和1961年至1965年)通过国家对工业的投资,来促进经济发展,以及修复在战争和紧急状态时期被破坏和被忽视的基础设施,如公路和港口。政府试图减少马来亚对商品出口的依赖,因为这会使国家经济受到浮动的市场价格所牵动。马来亚政府也意识到,随着合成橡胶的生产和使用的普及,对天然橡胶的需求注定会滑落。由于有三分之一的马来人劳动力从事橡胶工业工作,发展其它类型的就业来源变得非常重要。为了让马来西亚出产的橡胶具有竞争力,意味着橡胶工业的获利能力的增加,越来越依赖维持低工资,这又保持了农村马来人的贫困状态。